一般原則：
1. 採檢容器必須是無菌且無破損的，並配合無菌操作技術採檢。
2. 檢體量要足夠，並儘快送到檢驗科。
3. 使用傳送棉棒採檢之檢體，必須完全插入傳送培養基內。
4. 採檢時間：尿液、痰液以早晨第一次檢體為佳。
5. 採檢時機：盡量於用藥前，並註明是否使用抗生素。
6. 檢體容器外需標示病患姓名、性別、年齡、病歷號、床號、採檢時間或採檢人員等，可辨識檢驗來源。
尿液培養：
1. 中段尿：排棄前段尿液，以無菌容器收集中段尿液(約5c.c.)，蓋緊蓋子。
2. 尿袋：限用小兒科病人，特別是嬰兒和年紀較小的小孩。
(1) 完整收集單次尿袋中之尿液，不可使用兩次儲存之尿液或殘留於尿布上之尿液。
(2) 先在嬰幼兒之陰唇或尿道口作消毒，將尿袋緊貼於會陰部或陰莖上。
(3) 收集適量後(大於1 mL)，將尿液倒入無菌容器，蓋緊蓋子。
(4) 將收集好之尿液檢體，連同檢驗單儘速送交檢驗科。
3. Urine-Indwelling catheter（Foley）導尿：先消毒導尿管與收集管聯接處，以 無菌針管插入該連結處吸取尿液，放入無菌容器中。
4. Urine-staight catheter（單導）：先消毒尿道口插入導管至膀胱引流的尿液，放入無菌容器中。
5. Urine-Puncture：先消毒表層皮膚，藉由Cystoscopy以無菌針管插入或由Suprapubic(恥骨上方)，直接從膀胱或腎臟吸取尿液，放入無菌容器中。
6. 將收集好之尿液檢體和檢驗單儘快送達或放置於4℃保存，2小時內傳送至檢驗科。
糞便培養：
1. 一般來說糞便中含有黏液（mucus）的部分，最適合作微生物培養檢查。
2. 採直腸檢體時，需用一根浸過無菌生理食鹽水或液體輸送培養基之棉花拭子，插入肛門，輕輕旋轉，以便與直腸黏膜表層接觸，然後取出置於含適當輸送培養基（Cary Blair transport medium）之容器；糞便檢體亦可從直腸指診時所用的手套取得。
3. 糞便或直腸拭子檢體作微生物培養檢查時，要特別注意輸送與接種的時效性，如有拖延，可能一些非病原性的腸內細菌生長速度會大於病原菌，導致病原菌之分離較為困難。
4. 將收集好之糞便檢體，連同檢驗單，儘速送交檢驗科，如糞便檢體無法立刻送檢，應置於4-8℃保存，24小時內傳送。
5. Salmonella、Shigella糞便培養: 沙門氏或志賀氏桿菌以糞便培養液杯採檢可提高檢出率。
6. Campylobacter糞便培養: 以糞便傳送專用管之棉棒沾取少許糞便放入傳送管中。
7. Clostridium difficile糞便培養: 以糞便傳送專用管之棉棒沾取少許糞便，放入傳送管中。
下呼吸道培養：
1. Sputum
最好為清晨第一口痰，且為新鮮咳出者。其採檢步驟如下：
(1) 採檢前先清潔口腔和牙齒。
(2) 深呼吸後，用力從呼吸道深部咳出痰後裝入無菌容器中，再將無菌容器放入夾鏈袋內。
(3) 此過程應盡可能避免受到唾液污染，以確保檢驗品質。
2. Bronchial washings
需由肺臟科專家或其他受過訓練的醫師執行。
(1) 病患為非插管患者：經鼻或經口放入支氣管鏡
病患為插管的患者：經由氣管插管 (ET；endotracheal tube)放入支氣管鏡
(2) 用針筒從支氣管鏡之 biopsy channel 注入20-30 mL無菌生理食鹽水 (如果病患為小孩，則只要5 mL)。
(3) 溫和地抽回支氣管沖洗液檢體至無菌容器。
* 從肺部不同位置 (例如:右邊支氣管和左邊的支氣管)取得之支氣管沖洗液的檢體，不能混合在一起。
3. BAL
需由肺臟科專家或其他受過訓練的醫師執行。
(1) 病患為非插管患者：經鼻或經口放入支氣管鏡
病患為插管的患者：經由氣管插管 (ET；endotracheal tube)放入支氣管鏡
(2) 小心地將支氣管鏡的尖端插入氣道腔室 (airway lumen)。
(3) 分次注入大量的無菌生理食鹽水 (例如：大人20-25 mL，小孩5-10 mL)
(4) 溫和地將檢體回抽至無菌容器內。保留回抽的BAL檢體 (必須包含支氣管和肺泡的分泌物)。
(5) 同(3)再一次注入大量的無菌生理食鹽水，但注入的位置必須為肺部同樣的位置以便沖洗肺泡。
(6) 再次溫和地將檢體回抽至無菌容器內並保留。
(7) 重複灌注和抽取的步驟至檢體量足夠為止。
●第一次抽出的檢體有可能會受到污染，所以應丟棄。
●BAL檢體的收集，每次注入的位置必須為肺部同樣的位置以便沖洗肺泡。為了收集足夠的BAL檢體量，可能需要沖洗幾次。
●實驗室若為培養和染色之目的，同部位的檢體可以合併。否則個別的檢體若要合併，如右上葉、右下葉必須詢問記錄的醫師後方可執行。
4. Bronchial brush
需由肺臟科專家或其他受過訓練的醫師執行。
(1) 放置一個刷子，以便從氣管壁收集細胞物質。
(2) 將刷出的物質置於無菌容器內。
檢體儲存方式：立即傳送。如果不能立即傳送，請置於4℃冰箱保存但勿超過24小時。
生殖道培養：
1. 女性：應由尿道口、子宮頸、陰道以棉棒採集檢體。
2. 男性：由前列腺、精囊採檢或膿包採集檢體；同性戀者應採集肛門及咽喉部分的檢體。
3. Bartholin cyst、Endocervix discharge：採集前先消毒皮膚，再經外科手術，以棉棒或針筒抽取檢體。
4. 檢體收集後若不能立刻送檢請放置室溫保存。
5. 微量檢體：請直接向義大醫檢部索取專用培養基（Chocolate agar）直接接種，培養基密封後立即傳送至義大醫檢部。
膿、傷口培養：
1. 膿腫（abscesses）與癤（boil）中的膿可由排液法取得。
2. 先用75%酒精擦拭病灶部位，乾燥以後再用一無菌刀片將其切開，然後以無菌拭子採取檢體。
3. 若是創傷範圍極廣時，應儘可能將傷口之表面部位割除，只取深層部位的檢體，否則所取得的檢體可能受到表層微生物污染。
4. 取得檢體後，拭子應立即置於檢體收集管。
5. 若為深部採集的檢體，收集時應非常小心，儘量避免暴露於空氣中。用拭子採集時，取兩支拭子一支為厭氧檢體傳送管，一支為需氧檢體傳送管。
6. 微量檢體：請直接向義大醫檢部，索取專用培養基（Chocolate agar）直接接種，培養基密封後立即傳送至義大醫檢部。若不能立刻送檢請放置室溫保存。
血液培養：
1. 採檢時間在病人發冷時最合適(不要等發燒)。
2. 最好作2-3套的血液培養。
3. 患者標籤不可覆蓋住血瓶條碼與血瓶底部。
4. 血瓶消毒/使用方式：
(1) 移除瓶蓋，檢查血瓶是否有破損污染現象，若發現任何問題，請勿使用。
(2) 以滅菌棉枝沾75%酒精擦拭瓶口隔膜( 切勿使用碘液 )。
(3) 血液打入血瓶後要適度搖動混合均勻。
5. 靜脈消毒/採檢方式：
(1) 以滅菌棉枝沾75%酒精擦拭，由中心往外擦拭，待乾燥。
(2) 以滅菌棉枝沾碘液由中心往外擦拭，待乾燥。
(3) 以滅菌棉枝沾75%酒精擦拭，由中心往外擦拭，待乾燥。
(4) 若已消毒完要再次碰觸血管，需另取三支新棉枝重複(1)~(3)步驟先消毒手指後再碰觸血管。
6. 採血針具及血瓶順序：
(1) 為採足夠血量、降低汙染並避免針扎，請使用蝴蝶針具。
(2) 使用蝴蝶針具採血時，先採需氧瓶，再採厭氧瓶，避免管路內空氣影響厭氧菌生長。
7. 血瓶採血量：採集正確的採血量將能有效提高檢出率。
(1) 成人：8-10 mL/瓶。
(2) 兒童：1-3mL/瓶。
8. 若血瓶不能立即送至檢驗科請置於室溫。
一般體液培養：
1. 體液檢體通常由醫師以無菌技術（aseptic technique）採集。
2. 以一支套管腔針（trocar）或特殊設計的針插入欲採集部位，然後以注射筒抽取體液，若體液需作厭氧培養，則用紫頭需/厭氧傳送管傳送。
3. 若不能立刻送檢請放置室溫保存。
心導管培養：
1. CVP tip必須以無菌方式，取血管內長約5 cm tip，置於無菌容器內送檢。
2. 若不能立刻送檢請放置4℃保存。
Tip培養：
1. 以無菌方式，取長約5 cm tip，置於無菌容器內送檢。
2. 需註明tip來源，Foley’s catheter tip不適合做培養。
3. 若不能立刻送檢請放置4℃保存。
Tissue and Biopsy：
1. 檢體不可用任何固定液處理(微生物會被殺死)。
2. 檢體置於無菌容器。
3. 若不能立刻送檢請置室溫保存。
4. 微量檢體：直接向義大醫檢部索取專用培養基（Chocolate agar）直接接種，培養基請密封後立即傳送至義大醫檢部。
厭氧培養：
1. 需同時做需氧菌培養（Aerobic culture）。
2. 以厭氧傳送管採集，儘速送檢。
3. 下列檢體不適合做厭氧培養：痰液、口腔、咽喉、支氣管洗液、CVP、中段尿、導尿、糞便（Stool for Cl. difficile例外)。
4. 若不能立即送檢請放置室溫保存。
黴菌培養：
1. 膿液：依膿液培養採檢步驟採檢。
2. 痰液：依痰液培養採檢步驟採檢，建議連續送檢2-3次。
3. 尿液：依尿液培養採檢步驟採檢。
乙型鏈球菌篩檢（產檢/早產住院安胎/自費）檢體採集：
1. 請孕婦平躺雙腳弓起。
2. 自需氧傳送管取出棉棒伸入陰道口內約 2 公分處，採集黏膜分泌物（勿使用窺陰器）。
3. 使用同一採檢拭子，置放入孕婦肛門口內約2.5公分處，以旋轉 之方式採集檢體。
4. 將棉棒套回原來的傳送管內。
5. 檢體儲存方式：立即傳送。如果不能立即傳送，請置於4℃冰箱保存，但勿超過24小時。
結核菌培養
1. 痰液：依痰液培養採檢步驟採檢並連續送檢2-3次，檢體量約3-5 mL。
2. 尿液：早上第一次尿液檢體量約取40 mL為佳。
3. 體液：檢體請勿添加抗凝劑。
4. Blood及Bone marrow：將約1-5mL檢體注入以75%酒精消毒瓶口之結核菌培養專用瓶(請向醫學檢驗部索取)
5. 微量檢體：直接刮取患部組織或抽取檢體約1mL於無菌容器即可送驗。以Swab送驗或向醫學檢驗部索取L-J Slant直接接種。直接塗抹會影響檢驗報告，會註記為「不良檢體」。