本院自106年至108年已完成「全民健康保險澎湖縣離島地區醫療給付效益提昇計畫」(Integrated Delivery System，簡稱IDS計畫)一期計畫，並接續於109年至111年、以及112年續承作IDS計畫，持續為澎湖離島地區民眾提供完善的醫療服務。
澎湖因離島地區交通不便，醫療及相關資源較為欠缺，除了醫療設備不足之外，專科多樣性的不足對於民眾來說也是迫切的問題，亦因澎湖地區人口結構以高齡者居多，除了醫療照護之外，高齡者對於預防保健以及健康促進的主動性也較為缺乏。
為增進澎湖離島民眾就醫需求及醫療資源整合，與當地衛生所、醫療院所等進行醫療資源連結及整合，提供專科醫療照護，落實雙向轉診制度，建立完整的醫療照護模式，並加入遠距醫療會診服務，持續落實離島地區醫療平權，改善醫療可近性與便利性。
