新生兒科及預防保健
隨著育齡婦女總生育率愈來愈低、人口結構改變，高齡產婦相對增加，加上人工生殖技術進步；因此，多胞胎、早產、高危險性妊娠機會隨之上升。 本院新生兒科擁有最具人性關懷的醫護團隊，並獲得衛福部委託醫策會之「104至106年度兒科重難症醫療照護團隊」獎勵方案及「提升偏鄉區域新生兒連續性醫療照護服務與品質」計畫之醫學中心級新生兒專科，設有嬰兒室、新生兒中重度病房，兒童加護病房，亦為高危險新生兒與早產兒之專責後送醫院
本院備有各式公費及自費疫苗，經皮黃疸檢測儀，新生兒保溫箱，新生兒輸送型保溫箱，新生兒低溫治療機，吸入型一氧化氮，嬰兒高頻呼吸器，嬰兒專用呼吸器等
新生兒科主治：
1. 新生兒及早產兒相關疾病之急重症照護
2. 初步幼兒發展篩檢、早產兒生長及發展評估
3. 新生兒聽力篩檢。
4. 提供預防保健諮詢及完整的各項公自費疫苗接種
5. 新生兒(包含早產兒)相關疾病、健兒門診
兒童腸胃科
兒童胃腸肝膽科在小兒科的領域中佔有極重要的角色，最主要原因是兒童腸胃道或肝膽系統的病兆為數不少。本科最主要的任務是負責兒童消化系統與營養相關的醫療工作。另外，本科亦備有胃鏡及大腸鏡，提供需要的兒童做詳盡的檢查。
配有高階腹部超音波：這項檢查為一種非侵入性、操作迅速且使用方便之檢查工具，可協助診斷，如：腸套疊、盲腸炎、腸阻塞、腹膜炎、腹內膿瘍、腹部腫瘤、腸破裂等；在腹部腫瘤，如：肝腫瘤與其他腹腔內腫瘤也具有相當高的敏感度與準確性；另外在特殊疾病，如：骨盆腔病變、卵巢扭結、骨盆腔發炎等，均可作為輔助診斷的工具；在泌尿系統方面，如：腎臟實質病變、尿路阻塞病變、腎臟腫瘤均可經由超音波輔助診斷。配有上下消化道內視鏡：這項檢查為一種侵入性準確的檢查工具，可協助診斷，如：消化性潰瘍、消化道出血、消化道腫瘤、消化道切片及消化道異物移除等；另外可藉由內視鏡執行經皮內視鏡胃造瘻術。
兒童心臟科
根據全球的醫學統計指出，平均大約每一百名新生兒中，就有一名患有先天性心臟病，其原因不明，可能是綜合了遺傳、環境或懷孕期的因素，使胎兒心臟產生了異常的變化。兒童心臟科醫師可以用精密的儀器，早期診斷先天性心臟病，使這些先天性心臟病的患童，能及早治療及提供之後的追蹤。本院亦具備完整的小兒心導管技術，追蹤且治療一些先天性心血管疾病(如開放性動脈導管，心房中膈缺損、心室中膈缺損等)。
本院配有新穎設備的心電圖機、立體彩色超音波及都卜勒超音波機，在病童就診當日就完成相關檢查且提供家屬即時結果，免除舟車往返之苦；另備有24小時心電圖監測器，可提供需要之病童使用，使所有心臟科病人獲得更完善的檢查和治療。並有完整的心導管技術及團隊，可追蹤且治療相關疾病
兒童胸腔、過敏氣喘科
近年來環境及生活方式的西方化，台灣過敏疾病如氣喘，過敏性鼻炎，過敏性結膜炎，異位性皮膚炎等有逐年增加的趨勢，其中以氣喘、過敏性鼻炎、異位性皮膚炎最為常見，與十年前相較，患者人數幾乎成倍數上升。
健保局推動氣喘照護計畫以提升氣喘照護品質，本院積極配合並參與推動台灣過敏氣喘衛教與慢性照護，給予個人及家族連續性完整之整體照護計畫。對於過敏病的個人及家族，從診斷、設定治療目標、治療計劃、提供衛教，到減少下一胎過敏的機率，提供完整主動性的照顧。
本院備有精密肺功能檢查儀器、胸腔超音波儀、支氣管鏡等設備，做為診斷依據，完整的醫療團隊給予全方位照顧，來提昇過敏氣喘病人的生活品質。
兒童神經科
本院神經科擁有最具人性關懷的醫護團隊，由獲得生策會「國家生技醫療品質獎標章SNQ醫療照護團隊」之兒童神經科主治醫師駐診，結合復健科及各相關科別，提供兒童發展聯合評估及早療，讓發展遲緩兒童有能力過更有品質的生活，使特殊教育資源與社會福利等更能有效被運用。
本院備有數位化腦波機、及腦部超音波、及腦部核磁共振等精密儀器，評估兒童腦部及癲癇及其他腦波異常疾病的評估。
兒童腎臟科
兒童之腎臟及泌尿系統疾病不同於成人，以先天構造異常及遺傳性疾病為主。此外，兒童之慢性腎臟病、腎小管酸血症、電解質異常等特殊疾病，若未即時診斷治療，長期會造成兒童生長遲滯問題。本院兒童腎臟科主要工作內容為診斷治療兒童腎臟疾病、泌尿道感染、兒童尿床、排尿異常、血尿、蛋白尿等各種病症，並提供相關檢查協助疾病診斷。
兒童遺傳，新陳代謝暨內分泌科
提供新生兒至18歲青少年，關於遺傳、內分泌暨新陳代謝相關疾病之評估、檢查、診斷及治療，並結合本院小兒神經科、小兒心臟科、小兒腸胃科、新生兒科、小兒外科、復健科、眼科、耳鼻喉科、骨科、神經外科和中醫科等相關科系橫向連結，以最完整的醫療團隊提供最優化的臨床照護，另與藥師、營養師、糖尿病衛教師、物理治療師和職能治療師等縱向聯繫，結合不同專業領域給予最全面的醫療服務，更與社工師、罕病基金會、喜願協會和相關病友團體等合作，給予必要的扶助與心理支持，以期能達到身、心、靈全方位的醫療照護模式
兒童感染科
本院兒童感染科主要工作內容為診斷及治療罹患感染性疾病的病童。另外也提供疫苗諮詢、住院感染科會診等服務。本院亦是疾病管制署指定的腸病毒重症專責醫院，如有疑似腸病毒重症病童，亦會由兒童感染科、兒童心臟科及心臟外科組成專業團隊治療重症病童。此外，兒童感染科亦參與義大醫療體系各分院的感染控制團隊，於院內感染管制及相關感染預防措施的推行不遺餘力。
兒童血腫瘤科
兒童血液腫瘤科提供癌症病童的治療，並與台灣兒童癌症基金會一起提供需要的補助及幫助給需要的病童；更有跨團隊(社工、營養師等)的照護，讓需要的病童有著更好的身心靈照顧。另外，住院病人中，常有相關合併血球變化的疾病及急症。本科在急重症的治療中，亦扮演著相當重要的角色。
兒童心智科
兒童青少年心智科門診結合心理學、神經科學、人類行為科學及特殊教育學，服務15歲以下兒童青少年。門診評估兒童青少年的身心發展、家庭/學校及社區的生活適應和學習狀況、人際溝通及社交關係、行為問題或精神狀態發生的情境層面，以提供發展遲緩、注意力不足過動症患、智能不足、自閉症、其他兒童期精神病臨床診斷及治療。兒童心智科強調「實用」、「生活化」及「互動」等原則來協助家長了解自己孩子的特質，增益家長為協同治療及養育的方法。同時提供心理衡鑑、情緒支持、行為處理、時間管理及自我健康管理之建議及社會資源諮詢，推動精神健康促進工作。
一般兒科、兒童急診及重症照護
常見感冒、發燒問題的處理; 各次專科轉介; 24小時兒科急診