本院在93年 4月成立臨床病理科，到98年12月改制為醫學檢驗部。本部主要實驗室位於A棟2樓，在急診和門診大廳之正上方、而病毒分生實驗室位於C棟8樓。醫學檢驗部主要的工作是提供病患有效的實驗室診斷數據，進行教學與研究發現。因此，本部基本的理念為：
1. 提供符合臨床需要的實驗室技術服務。
2. 提供正確、有效且節省成本的檢驗結果。
3. 支持部內、院內研究計劃的發展。
4. 支持人員的成長培育、追求團體的具體成就。
本部共分為五個科別其業務範圍介紹如下：
1. 一般檢驗科：
一般檢驗科分為門診抽血組及一般檢驗組，負責門診病人檢體採集及進行尿液、糞便和一般體液的鏡檢項目。
2. 自動化檢驗科：
自動化檢驗科分為血液檢驗組及生化免疫組。血液檢驗組以 Sysmex HST系統和CA 1500儀器提供一般常規血液和凝固檢驗，並進行有關血液疾病和止血功能特殊檢驗。生化免疫組以自動化軌道系統(APS)進行大部分急件及常規性生化 分析項目、藥物監測、內分泌和腫瘤標記檢驗。
3. 輸血醫學科：
本院為外科導向的醫院，已成立急救創傷中心及器官移植中心，輸血醫學科之血庫組將提供院內輸血相關服務，供應安全正確的血品給與病患。
4. 微生物檢驗科：
微生物檢驗科下設細菌檢驗組及病毒暨結核菌檢驗組，除了提供一般細菌培養、血液培養、抗生素敏感試驗及病毒培養，也利用染色和快速檢測法，對於臨床重要的病原菌進行即時檢驗。
5. 分子檢驗科：
由於醫學的進步，部分臨床診斷已從傳統檢驗進入分子檢驗的領域。分子診斷實驗室在臨床的應用，可以分別在以下幾個方向：器官移植HLA分型、感染性疾病檢測、腫瘤基因檢測(如EGFR、KRAS、BCR-ABL)和藥物基因體分析。
醫學檢驗部之工作願景：品質、服務、研究、教學、效率、卓越
本部完全以符合區域教學醫院的設置標準，自我要求，以提供高品質、快速、經濟、有效的服務為主的工作考量。大部分的檢驗項目以當天完成為目標，一旦發現異常和危險的數值，即主動回報給負責的醫護人員。我們的緊急檢驗以一個小時發報告為原則，常規檢驗以 三小時發報告。
因此 義大醫院 醫學檢驗部與一般傳統檢驗室之差異，分列如下：
1. 人員素質：
為了成立一個整齊的團隊，本科對於醫檢師的要求相當嚴謹，必須要有一定的學歷（大學以上畢業），目前本部人員有二成以上具有碩士以上學歷。為了提升團隊前進的力量，要求所有人員除了過去的經歷外，仍需屏棄過去陋習，完全符合標準作業流程。要求進行相關的在職訓練，並進行考核。
2. 檢驗技術自動化：
為了提供臨床有效正確的診斷和確保檢驗品質的水準，所有儀器採購皆以自動化且能夠雙向連線為主，以機器品質來確保檢驗的準確性及速迅性。
3. 服務品質的提升：
整個醫學檢驗部提供中央實驗室的構思。三班工作人員在互相支援工作下，能做到急診檢驗一小時完成。常規檢驗三小時完成。整個實驗室電腦化的管理控制試劑及人力成本，以建立一個有效的服務團隊為目標。
4. 研究與發展的能力：
本部具有許多與臨床研究相關之儀器（如flow cytometry,autoanalyzer）及實驗技術（如molecular diagnosis technique），希望能成為全院學術研究之中 心實驗室，提供準確的研究數據。同時內部建立不斷的在職教育訓練的課程，要求內部人員再進修，培育技術員向上的力量，激發對工作的熱忱，提 升醫檢技術及研究成果。